中蓝晨光院十分重视知识产权的保护，加强专利申报和管理。目前，该院累计申请专利126项，专利授权85项，其中，发明专利64项。截至9月，该院2012年申报专利受理已达10项，另上报材料8项正在审核，预计将超额完成蓝星总公司下达的全年12项的目标。
据了解，国内企业在进行研发时普遍缺少前期的专利文献调研，这样容易产生两个问题：一是专利侵权，研发成功后却被告知侵犯别人的知识产权；二是重复的研发投入，因为可能国外申请人已经申请过该专利，但基于其他因素考量放弃了该专利权或没有在中国进行过相关申请，国内企业实际上可以免费使用该专利技术。
该院在科研项目的研发和成果转化中注重知识产权保护，加强专利申报工作，尤其是针对芳纶Ⅱ等重点项目产业化加强保护，为成果转化保驾护航。在启动芳纶Ⅱ产业化之前，首先委托专业机构对芳纶Ⅱ国内外专利进行调研。通过专利调研，在开发过程中有意识地避开国外专利，避免了可能产生的知识产权纠纷。在项目实施过程中，一方面坚持专利检索，每个月都给研发团队提供专利检索信息，另一方面加强全体研发人员专利知识宣传和学习，把专利意识深深映入每个人的脑海中。研发过程中每一次灵感的火花，落实后的第一件事情就是专利的申请。在整个开发团队的共同努力下，树脂聚合工程化放大技术，代替精密计量技术、高纺速纺丝装置及工艺、后处理技术等等被一一攻克，紧接着申请了“一种聚对苯二甲酰对苯二胺纤维及其制备方法”、“用于高纺速干湿法纺丝的凝固装置”、“一种高强度聚对苯二甲酰对苯二胺纤维及其制备方法”等新技术、专用设备、新产品专利，全方位保护了自主知识产权。
目前，芳纶Ⅱ纤维项目已申请专利16项，授权12项。随着芳纶Ⅱ项目投产和产品的市场拓展，专利的作用将会更加凸显。